Op 9 oktober 1945 promoveerde Verwey-Jonker bij H.N. ter Veen, hoogleraar in de sociografie. Haar proefschrift was een van de eerste wetenschappelijke studies in Nederland naar armoede en was getiteld Lage inkomens. Een statistisch onderzoek naar de verdeling der inkomens beneden de belastinggrens in de gemeente Eindhoven. Vernieuwend was dat het inzicht gaf in een groep waarover vrijwel niets bekend was: mensen die zo weinig verdienden dat zij geen inkomensbelasting hoefden te betalen. Haar onderzoek liet zien dat veel mensen met lage inkomens hun kinderen eerder van school haalden om hen betaald werk te laten verrichten. Hierdoor kregen deze kinderen minder kansen om een opleiding te volgen, met toekomstige armoede als perspectief. Daarmee vormde deze analyse indirect een pleidooi voor een collectieve oudedagsvoorziening. Het boek is dan ook van invloed geweest op de totstandkoming van de Noodwet Drees.
Ondanks een cum laude promotie was een academische loopbaan daarna uitgesloten voor Verwey-Jonker vanwege de toentertijd geldende beroepsverboden voor gehuwde vrouwen. Pas kort na het bereiken van de officiële pensioengerechtigde leeftijd, in 1973, kreeg zij haar eerste bezoldigde functie als wetenschappelijk hoofdmedewerker sociologie aan de Rijksuniversiteit te Utrecht. Na haar promotie ontwikkelt Verwey-Jonker zich – noodgedwongen – tot een socioloog die actief was in bestuur, beleid en politiek. Ze liet zo’n 300 publicaties na, waaronder een autobiografie, getiteld Er moet een vrouw in. Herinneringen aan een kentering in de tijd (1988). Haar werk is veelzijdig, helder, getuigt van grote eruditie en een analytische, kritische en onafhankelijke geest en wordt gekleurd door maatschappelijk engagement en een sociologische achtergrond.
Emancipatie was een kernthema in het werk van Verwey-Jonker. In een invloedrijk artikel in Drift en koers. Een halve eeuw sociale verandering in Nederland (1961) wees ze erop dat het emancipatieproces van rooms-katholieken, gereformeerden, vrouwen en arbeiders grotendeels was voltooid. Er restten nog slechts twee groepen ‘gefrustreerden’: ongeschoolde en ongeorganiseerde arbeiders en intelligente getrouwde vrouwen. Tien jaar later kwam daar een nieuwe groep bij. In het onder haar redactie verschenen Allochtonen in Nederland wees ze al op de zorglijke situatie onder met name Ambonezen.
Naam maakte ze met haar werk over migranten en vluchtelingen. Als deskundige op het gebied van vluchtelingenvraagstukken vertegenwoordigde zij Nederland in de voorloper van de UNHCR, de UN Refugee Agency. Als eerste uit een reeks van beleidsrapporten over migranten, vluchtelingen, etnische minderheden en allochtonen verscheen in 1959 het onder haar voorzitterschap geschreven Ambonezen in Nederland. Deze publicatie speelde decennialang een belangrijke rol in discussies over de Molukse kwestie.
Ook vanwege haar persoonlijke ervaringen trok de emancipatie van vrouwen, met name gehuwde vrouwen, lang haar aandacht. Zo was ze voorzitter van de Nederlandse Vereniging voor Vrouwenbelangen, Vrouwenarbeid en Gelijk Staatsburgerschap (1951-1955). Met succes lobbyde Vrouwenbelangen voor de opheffing van arbeidsverboden van gehuwde vrouwen in 1955 en de handelingsonbekwaamheid van getrouwde vrouwen een jaar later. Verder heeft ze zich als Kroonlid in het Dagelijks Bestuur (1957-1972) bij de SER sterk gemaakt voor onder meer het verruimen van beroepsmogelijkheden voor gehuwde vrouwen. Hierbij beriep ze zich geregeld op haar deskundigheid als socioloog. Ze was het enige en eerste ‘gewone’ vrouwelijke Kroonlid bij de SER.
Verwey-Jonker trad al in haar studententijd toe tot de SDAP en maakte hier snel carrière. In 1945 was ze in beeld als de eerste vrouwelijke minister. In 1946 was ze één van de medeoprichters van de Partij van de Arbeid (PvdA). Tussen 23 november 1954 en 16 mei 1957 zat zij tevens in de Eerste Kamer voor de PvdA.
Waardering voor haar kwam met de toekenning van de Yad Vashem onderscheiding voor haar verzetswerk (1987) en de Aletta Jacobsprijs voor haar bijdragen aan de vrouwenemancipatie (2000). Nog tijdens haar leven, in 1993, werd een onderzoeksinstituut voor sociaal-wetenschappelijk onderzoek naar haar vernoemd: het Verwey-Jonker Instituut in Utrecht. In november 1978 ontving zij het eerste eredoctoraat van de Erasmus Universiteit te Rotterdam. Bij die gelegenheid noemde Bart Tromp haar de vrouwelijke nestor van de Nederlandse sociologie.
