Van Baal studeerde ‘Indologie’ in Leiden, de opleiding die voorbereidde op de bestuursdienst in Nederlands-Indië, en koos daarbij voor de hoofdrichting economie en staatskunde. Daarnaast specialiseerde hij zich in de theoretische volkenkunde. Nog voor zijn vertrek naar de Oost promoveerde hij in 1934 bij de Josselin de Jong op een analyse van de religie en sociale structuur van de Marind-Anim, een Papoeavolk in zuidelijk Nieuw-Guinea.
Zijn ambtelijke carrière voerde hem langs veel delen van de Indonesische archipel, maar hij raakte het meest intensief betrokken bij Nieuw Guinea en Lombok. Na een initiatie in de praktijk van het koloniale bestuur in provincieplaatsen op Oost-Java en Madura was zijn eerste onafhankelijke bestuurspost ‘controleur’ van de onderafdeling Zuid-Nieuw-Guinea (1936-38). Hier leerde hij de Marind-Anim en andere Papoeavolken direct kennen. Op talrijke reizen door het gebied verzamelde hij systematisch gegevens over maatschappelijke en bestuurlijke problemen, gezondheid, onderwijs en de gevolgen van cultuurcontact, waarover hij ambtelijke rapporten schreef en later uitvoerig zou publiceren. Na de onafhankelijkheid van overig Indonesië zou hij naar Nieuw-Guinea terugkeren. Als hoofd van het Kantoor voor Bevolkingszaken zette hij een programma voor sociaal onderzoek op en werkte aan de blauwdruk voor een geïntegreerd ontwikkelingsbeleid voor het gebied (1950-52). Later mocht hij als gouverneur deze plannen in de praktijk brengen (1953-58).
Op Lombok diende van Baal in de nadagen van het Nederlandse gezag. In 1941 kreeg hij de opdracht hier onderzoek te verrichten naar de maatschappelijke oorzaken van toenemende ongelijkheid en armoede, die tot een ernstige hongersnood hadden geleid. Hij vond dat in dorpen in het noorden, waar pre-islamitische instellingen deels nog voortbestonden, de sociale cohesie sterk was maar dat elders de islamisering deze instellingen had weggevaagd. En de hoofden, die tevens het meeste land bezaten, voelden weinig of geen verantwoordelijkheid voor het welzijn van de armere dorpelingen. Nivellerende maatregelen die hij voorstelde (o.a. een belasting op landbezit in plaats van op arbeid) werden weggevaagd bij de geleidelijke overdracht van bestuur aan ‘democratisch’ gekozen vertegenwoordigers, die uit dezelfde land bezittende elite bestonden. Een zekere scepsis over democratisering en waardering voor een mate van paternalisme, vooral waar dat stoelt op het ‘filialisme’ van afhankelijken, zijn hem altijd bijgebleven. Later brachten deze hem in conflict met meer inspraak eisende en het koloniale verleden fel bekritiserende studenten (waarvan zijn boekje De agressie der gelijken uit 1974 getuigt, een essay over het gelijkheidsideaal in de westerse beschaving).
Van Baal deed al vanaf 1945 pogingen een overstap te maken van bestuur naar wetenschap, maar dat bleek niet gemakkelijk, want er waren weinig universitaire posities beschikbaar en de bestuursdienst deed steeds weer een beroep op hem. Maar hij publiceerde veel, en richtte zich daarbij zowel op vakgenoten als het breder geïnteresseerde algemene publiek. In 1947 verscheen zijn tweede boek, de godsdienstpsychologische studie Over wegen en drijfveren der religie (1947), waarin het gereformeerde christendom waarin hij was opgegroeid en de religie van de Marind-Anim als belangrijkste voorbeelden naast elkaar werden geplaatst en geanalyseerd. Van Baal bleef zijn hele leven gefascineerd door religie als universeel maatschappelijk verschijnsel en als belangrijk aspect van de menselijke conditie. Hij publiceerde zuiver antropologische studies – zoals Dema: Description and analysis of Marind-Anim culture (1966), een zeer gedetailleerde studie die op de dissertatie voortbouwde- en zijn inleiding tot de antropologie van de religie, Symbols for communication (1971). Daarnaast publiceerde hij ook door antropologische inzichten geïnspireerde theologische reflecties, zoals Man’s quest for partnership: The anthropological foundations of ethics and religion (1981).
Daarnaast schreef hij veel over wat ‘ontwikkelingsproblematiek’ kwam te heten, de gevolgen van cultuurcontact en economische modernisering, waarmee hij zich in Nieuw-Guinea en Lombok had beziggehouden. Hierover gaf hij bij het KIT (1959-69) cursussen, die o.a. hun neerslag vonden in het veelgelezen Mensen in verandering; Ontstaan en groei van een nieuwe cultuur in ontwikkelingslanden (1967). Niet wetenschappelijk bedoeld maar een fascinerend tijdsdocument zijn de twee delen memoires, Ontglipt verleden (1986-89), waarin hij zonder enige nostalgie en met de scherp observerende blik van de antropoloog op zijn leerjaren en zijn ervaringen als bestuursambtenaar in Nederlands-Indië en Nieuw-Guinea terugkijkt. Ze geven een goed inzicht in het reilen en zeilen van de laat-koloniale staat, de onvermijdelijkheid van de dekolonisering, en de lessen die de eigenzinnige ambtenaar Jan van Baal uit de veranderingen in zijn wereld trok.
