Na zijn proefschriftperiode was Ultee verantwoordelijk voor de herrijzenis van de Nederlandse stratificatiesociologie, die na het werk van Van Heek en Van Tulder in de jaren ’50 in het slop was geraakt. De theoreticus werd empirisch onderzoeker. De start van dit initiatief was de landelijke enquête naar Stratificatie en Mobiliteit in 1982, die leidde tot de constructie van de veelgebruikte Ultee-Sixma beroepsprestigeschaal. In 1987 als hoogleraar benoemd in Nijmegen startte hij aldaar de succesvolle reeks Familie-Enquête Nederlandse Bevolking, waarin periodiek een multi-actor en multi-moment opname werd gemaakt van structurele en culturele patronen in Nederland. De retrospectieve ondervragingen in de Familie-enquêtes maken grootschalige longitudinale analyses mogelijk. Als sociologiedocent in Utrecht en Nijmegen produceerde Ultee (samen met Arts en Flap) het leerboek Sociologie: Vragen, Uitspraken, Bevindingen (1ste editie 1992), waarin op systematische en originele wijze kernvragen van de sociologie, theoretische tradities en een veelheid van empirische resultaten naast elkaar werden gepresenteerd. Generaties van sociologen modeleren hun onderzoeksstijl naar dit voorbeeld.
In zijn latere werk was Ultee een actief onderzoeker op een veelheid van gebieden die systematisch de kernvragen van de sociologie afdekken. Naast studies op het terrein van sociale mobiliteit publiceerde hij in grote tijdschriften over rationele keuzetheorie, homogamie, suïcide, stemgedrag en politieke verhoudingen. Van bijzondere betekenis is het initiëren van projecten over de Jodenvervolging in WO-2, waarin op kwantitatieve en kwalitatieve wijze concurrerende verklaringen voor het ontbreken van sociale cohesie in Nederland op de proef worden gesteld. In zijn loopbaan begeleidde Ultee 38 dissertaties en zeven van zijn promovendi werden tot op heden hoogleraar. Zijn intellectuele invloed op de Nederlandse sociologie is groot.
